Es el Órgano encargado del planeamiento estratégico y operativo, proceso presupuestario, costos, diseño organizacional y sistema de inversión pública; depende de la Dirección General, y tiene asignado las siguientes funciones:

• Lograr el diagnóstico situacional e identificar los objetivos metas y estrategias de largo, mediano y corto plazo  y proponer el plan estratégico y operativo.
• Evaluar la efectividad de las estrategias y el logro de los objetivos y metas de corto, mediano y largo plazo.
• Desarrollar los procesos de costeo e identificar los requisitos de los servicios institucionales para su aprobación por la DIRESA - Junín.
• Evaluar los costos hospitalarios como herramienta para la gestión institucional y estructura tarifari­a de los servicios.
• Generar información oportuna sobre herramientas de costeo para toma de decisiones (Punto de Equilibrio, Margen de Control, Utilidad).